Welcome to the open zeta version of XDS-J!


XDS-J is a graphical user interface for XDS



推荐屏幕分辨率1280×960，分辨率过低会导致界面不完全显示(界面上方和右方有滚动条)






使用步骤



1.打开终端，转到工作路径后，键入命令XDS-J


2.通过image右侧的browse选取一张图片(可以不是第一张)



3.选择探测器类型和参数，上海光源17U，18U，19U三个线站的已经保存在脚本中，点击即可自动输入。



4.点击run xds for ? rounds，若程序正常运行，结束后会显示红字Finished，结果会显示在文本框，自动确定的晶体类型和参数自动填入SPACE_GROUP_NUMBER和UNIT_CELL_CONSTANTS的框中


5.如果认为自动确定空间群不对，可点击show all possible space group，在下拉列表中选择一个，再点Confirm。根据文本框中的结果修改最高分辨率(如果在I/SIGMA cutoff前面打勾，运行一次后脚本将根据输入的截断值估计下次使用的最高分辨率)，点击按钮再次运行

6.修改Job为'DEFPIX INTEGRATE CORRECT'，多次重复运行XDS以优化结果（可以在run xds for ? rounds下面的框输入打算连续运行的轮数），也可修改其他参数(如DATA_RANGE，由于辐射损伤很多时候要舍弃后面的数据，或WFAC1)



一般最终使最高分辨率对应的I/SIGMA接近2，同时保证CC(1/2)大于60，总的COMPLETENESS大于80%，NUMBER OF REFLECTIONS中的OBSERVED是UNIQUE的四倍以上，NUMBER OF REJECTED MISFITS小于NUMBER OF REFLECTIONS IN SELECTED SUBSET OF IMAGES的10%(以上数字仅供参考，并不绝对)



7.点击xscale&xdsconv，在弹出窗口中点击xscale；再点击xdsconv，最终生成CCP4可用的mtz文件






注意



运行xds时整个界面将暂时处于锁定状态，不要对其进行任何操作，以免造成未知后果

程序运行时将产生很多文件，最好在一个单独目录下运行

如果结果显示各个分辨率范围的信噪比都很低，有可能是晶体位置（ORGX，ORGY）偏离较大

运行失败可能的原因包括：数据本身质量不好（可通过view按钮查看图片），旋转轴的正负错误，最高分辨率过低（例如0），空间群选择错误（改变DATA_RANGE有可能导致自动确定的空间群不同）
，晶体位置（ORGX，ORGY）偏离较大
提高信噪比方法：WAC1调低（如0.85），改变DATA_RANGE，多运行几轮XDS